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《陕西理工大学》 2019年
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山白树的微卫星分子符号开发与遗传多样性剖析

王家  
【摘要】:山白树(Sinowilsonia henryi Hemsl)为金缕梅科(Hamamelidaceae)山白树属(Sinowilsonia Hemsl)多年生木本植物,是我国特有单种属珍稀濒危植物。因为人为采伐及生境改变等原因,导致山白树数量急剧削减,已被列为我国Ⅱ级维护植物及陕西省重点维护植物,被国际自然维护联盟(IUCN)认定为易危物种。作为第三纪孑遗种和我国特有物种,山白树具有重要的经济价值和科学研讨价值。本研讨根据第二代测序技能开发了山白树的微卫星分子符号,并使用该分子符号对山白树进行集体遗传剖析,以期对其物种维护供给理论参阅。选用Illumina二代测序技能树立山白树基因组文库和微卫星文库,剖析微卫星组成类型等特征,规划山白树微卫星引物,用5个山白树种群进行扩增和检测以剖析其多态性。研讨成果标明,二代测序共回来38,942,660条100bp配对序列,经过质量修剪及拼接得到200,386条拼接序列,其间长度大于335bp的为7614条;在7614条序列中检测出微卫星位点694个,其间单核苷酸重复最多,单核苷酸重复中A/T重复数量最多;二核苷酸长度变异最大,其间AG/CT重复数量最多,重复长度变异状况与微卫星丰度呈正相关。为36条山白树微卫星重复次数高的序列规划引物,经过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳对所规划的引物进行检测,成果标明,其间20对引物多态性丰厚且条带明晰,等位基因数(N_A)在3~6之间,均匀为4,多态性信息含量(PIC)为0.5355~0.7540,均匀为0.6155。对5个山白树种群的集体遗传剖析发现,本研讨开发的引物可用性较好。本研讨开发了山白树微卫星分子符号引物,为山白树分子遗传学奠定了根底。本研讨使用挑选的20对山白树微卫星引物,对采自山白树首要散布区的19个居群201份样品进行检测,核算试验数据,剖析其遗传多样性与遗传分解。本研讨经过核算山白树遗传参数和居群间Nei’s遗传间隔剖析各山白树居群的遗传联系,并剖析及核算山白树居群间遗传分解指数和遗传结构。成果标明:(1)20对山白树引物均具有较高的多态性,各位点的等位基因数在7~18之间,共检测到变异位点239个,均匀每对引物11.95个变异位点,希望杂合度(H_E)为0.6790~0.8604,均匀希望杂合度为0.7993。Shannon’s信息指数(I)为1.4279~2.2222,均匀值为1.8937。Nei’s遗传多样性指数(h)为0.6773~0.8583,均匀为0.7973,标明山白树在物种水平上的遗传多样性较高。(2)经过AMOVA剖析成果显现,山白树的遗传变异首要来源于居群内,居群间遗传分解激烈(F_(st)=0.3439),居群间基因流较弱(N_m=0.4769)。(3)UPGMA聚类成果标明,遗传间隔附近的居群,地舆位置散布也相对较近。Mantel Test成果显现,R=0.288,P=0.01,即山白树遗传间隔与地舆间隔存在明显相关性。STRUCTURE剖析成果将19个山白树居群分红4个组。可知,导致山白树居群遗传分解明显的原因可能有地舆阻隔、有限的基因流、居群历史上遭受片段化及瓶颈效应等。根据本研讨成果,咱们提出了就地维护为主的维护战略。
【学位颁发单位】:陕西理工大学
【学位等级】:硕士
【学位颁发年份】:2019
【分类号】:S792.99

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